O tratamento fitossanitário é uma ação de defesa aplicada através da fumigação por algumas empresas credenciadas no Ministério da Agricultura – MAPA, com o objetivo de assegurar a isenção de pragas em produtos vegetais e embalagens de madeira, paletes, madeiras de pearão de cargas, com produtos fitossanitários autorizados. Para isso, o MAPA credencia as empresas que podem imprimir a Certificação Fitossanitária da NIMF 15 da FAO (ISPM 15 – FAO) referente ao tratamento que foi utilizado.
Os fiscais federais agropecuários podem emitir o certificado fitossanitário ou o certificado de fumigação. O tratamento através da fumigação evita o ingresso de pragas exóticas no país de destino. Na fumigação são utilizados produtos para erradicar ou controlar as pragas já existentes em território nacional bem como aquelas oriundas de outros países nas importações. Esse tratamento é muito importante para evitar pragas nas cargas que não podem ser remanejadas dos containers ou porões de navios e silos de armazenamento, como por exemplo, grãos. Serve para evitar também a entrada de novas pragas em nosso país.
No Brasil, temos alguns exemplos de pragas que causaram grandes prejuízos à agricultura e silvicultura como o bicudo do algodoeiro, a ferrugem do cafeeiro, a vespa da madeira e mais recentemente, a ferrugem da soja. A fumigação é controlada por vários órgãos nacionais e internacionais como o MAPA e FAO, pois existe uma substância usada para esse processo que em alguns casos deve ser evitada, essa substância é o Brometo de metila. Certos produtos reagem de forma a anular os efeitos da substância química na eliminação dos insetos.
A razão mais comum para evitar-se a fumigação de um material com Brometo de Metila é o mau odor resultante de uma reação do fumigante com certos compostos de enxofre. Tais odores normalmente persistem indefinidamente e, na maioria dos casos, não existem formas práticas de removê-los. Alguns materiais possuem qualidades absorventes ou um efeito solvente que irá reduzir a concentração de Brometo de Metila na área fumigada até o ponto de ineficácia. Outras razões de cautela na exposição do Brometo de Metila envolvem fitotoxicidade (toxicidade às plantas em crescimento), destruição da viabilidade de sementes, possibilidade de resíduos ilegais e rápida deterioração após a fumigação de mercadorias, tais como frutas e legumes frescos.